上海市食品药品监督管理局崇明分局组建于2001年9月，是上海市食品药品监督管理局的派出机构。成立之初的全称为上海市药品监督管理局崇明分局，负责辖区内药品、药品包装材料、医疗器械生产、经营的监管。 2004年2月，在原药品监督管理局崇明分局的基础上，组建了上海市食品药品监督管理局崇明分局，更名为上海市食品药品监督管理局崇明分局，除继续承担药品和医疗器械监管外，履行新增职能，即负责对崇明地区食品安全的综合监督、组织协调和依法查处重大事故。2005年1月起还负责食品流通、消费环节以及保健食品、化妆品的生产、消费和流通环节的监管。
上海市食品药品监督管理局崇明分局内设一室三科，分别为办公室、稽查科、药品监管科和食品监察科。另有两个下属机构：崇明县食品药品监督所和上海市崇明食品药品检验所。崇明县食品药品监督所成立于2005年1月1日，是行政执法性事业单位，内设办公室、审核发证科、综合业务科和监督一科、监督二科五个部门。上海市崇明食品药品检验所成立于2002年12月，是食品药品监管的技术支撑机构，内设综合办、检验室两个部门。