上海市崇明县传染病医院是专业收住急慢性传染病的县级专科医院，肩负着全岛人民传染病的防治工作。该院创建于1984年，是国家肝病健康教育计划实施基地，结核病防治临床基地，在业务上与上海肺科医院建立协作关系，是一所体制健全、资历深厚、经验丰富，具有公共卫生突发事件应对能力的现代化、园林化医院。
崇明县传染病医院座落于崇明县岱山路、利民路交界处，占地3.66万平方米，总建筑面积1.2万平方米，系国家2005年公共卫生体系建设的重点工程。医院现有职工180余名，共149张床位，主要设置肺科、肝病科、感染科、突发性传染病救治中心等科室，收治各型病毒性肝炎、妊娠肝炎、重症肝炎、活动性肝硬化、伤寒、乙型脑炎、流行性脑脊髓膜炎、流行性出血热、化脓性和结核性脑膜炎、肠道传染病、艾滋病、破伤风、狂犬病、性病、传染性非典型性肺炎、人感染高致病性禽流感和各类结核病。自医院开诊以来，医院经验不断积累，技术不断提高，设备不断改良，促使各类结核病、肝炎的治愈好转率始终保持在85以上，其中结核病合并糖尿病、慢性重型肝炎等迁延不愈的病种，医院在中西医结合治疗领域上亦有独到的见解。
崇明县传染病医院配置了先进的医疗仪器，拥有630MA多功能数字化X光机、放射成像系统、彩色多普勒诊断系统、全自动生化分析仪、微生物鉴定及药敏分析系统、时间分辨荧光免疫分析系统、重危监护系统、心肺功能检测仪、腹水回收治疗仪、肝病治疗仪、支气管镜、人工肝及呼吸机等一系列高精尖仪器，完全符合了一所传染病专科医院的医疗设备配置要求，保证了各种传染病及其并发症的精确诊断。