崇明出入境检验检疫局位于祖国的第三大岛。前身为崇明进出口商品检验局，成立于1996年3月5日，1999年12月机构改革，成立崇明检验检疫局。是上海出入境检验检疫局在崇明地区的分支机构。随着定位于生态岛的崇明大开发序幕的拉开，绿色农产品、高科技产品将是崇明局业务新的增长点。
崇明检验检疫局主要负责崇明地区进出口商品的法定检验和鉴定，承办职责范围内出口质量许可证的考核与监督检查和实施强制性产品认证制度产品的入境验证工作，办理委托检验检疫业务；负责崇明地区出入境卫生检疫 、传染病监测和口岸卫生监督；负责崇明地区出入境动植物及其产品和其它检疫物的检验检疫和监督管理；负责崇明地区出口食品生产、加工企业的卫生注册登记的预评审及获证后的监管工作；负责崇明地区生产加工企业的分类管理和日常监管工作；负责崇明地区普惠制产地证和一般原产地证及其它产地证的的签发。