崇明县卫生局主要职能：
1、贯彻执行国家和市有关卫生工作的方针、政策、法律、法规、规章；负责有关医政、卫生预防保健等法规的执法工作
2、根据国家、市和上级卫生部门的任务与要求，制订本区卫生事业发展规划、工作计划和规范性文件，并组织实施
3、制订本区医疗机构设置规划；指导本区医疗机构卫生改革工作以及监督、管理本区医疗机构工作；负责管理医疗机构内部临床药事工作
4、依法对本区公共场所卫生、劳动卫生和职业病、饮水卫生、放射卫生、学校卫生、传染病防治、医疗机构管理、医务人员执业、献血、红十字、母婴保健等法律、法规的实施进行监督管理；负责本区医疗单位人员、设备、机构、适宜技术的许可审批
5、制订本区中医和中西医结合发展规划，并组织实施，促进中医和中西医结合事业发展与振兴
6、制定本区社区卫生、妇幼卫生、初级卫生保健工作规划、农村合作医疗制度，并组织实施
7、制定本区医学科技发展规划和医学科研项目，并组织实施；制定本区卫生人才发展规划，并组织实施；根据市卫生局要求，组织开展职业道德教育
8、组织实施本区城镇职工医疗保险、农村合作医疗大病基金、血液管理、 爱国卫生等工作；依法主管本区突发性事件、灾害事故的医疗救护工作