寒山寺已有近374年历史。明朝天启四年，杨军门夫人朱氏自苏州驾小船来到崇明。朱氏在岛上削发为尼，法名颠修，建寺名寒山寺，供寒山拾得二像。原寒山寺北至护城河（现崇明中学马路），南至人民路，西至护城河沿界（农业大楼），东至旧大校场（现向明农机厂），共有鸳鸯宅寺房32间。
崇明寒山寺与苏州寒山寺除了在寺名和供奉上相同外，相传它们的钟声有"瀛洲东门寒山寺，夜半钟声迎客船"和"姑苏城外寒山寺，夜半钟声到客船"争相媲美的诗句。
寒山寺坐落于城桥镇东门路21号，占地494平方米。
十年动乱期间，寒山寺曾遭破坏。十一届三中全会后，自觉法师（现该院住持）及师傅重回寺院，再持香火。1995年，经宗教事务部门批准，寒山寺对外开放。